Tytułowy „Zimorodek” to nie tylko ptak, ale również postać filmowa – bohater wojenny, który jesienią 1943 roku pod nosem Niemców wysadził w powietrze strategicznie istotny most. Ponad dwadzieścia lat później jego losy próbuje zrekonstruować troje nastolatków, uczniów klasy szóstej, których z kolei do nauki stara się zachęcić wychowawca i nauczyciel biologii w jednym.