Do sieci trafiła informacja, iż John Malkovich nie pojawi się jednak w filmie Fantastyczna Czwórka: Pierwsze kroki. Aktor miał wystąpić jako Ivan Kragoff, znany jako Czerwony Duch – jeden z pierwszych złoczyńców, z którymi walczyła tytułowa grupa. Reżyser Matt Shakman potwierdził decyzję o wycięciu postaci Malkovicha w wywiadzie dla Variety.
Sceny z udziałem Malkovicha znajdowały się we wczesnej części filmu, w sekwencji ukazującej początki działalności tych superbohaterów. Pierwszy zwiastun filmu zawierał choćby krótkie ujęcie Malkovicha w tej roli, a Shakman twierdzi, iż aktor „był w tym znakomity i dał z siebie wszystko”.
Shakman opowiada:
Wiele rzeczy ostatecznie wylądowało na podłodze montażowni. Budowaliśmy retrofuturystyczny świat lat 60., wprowadzaliśmy wielu złoczyńców, cztery główne postacie zarówno jako grupę, jak i indywidualnie, wprowadzaliśmy temat dziecka – było bardzo dużo do zrównoważenia i niektóre rzeczy musiały ostatecznie odejść, by nadać ostateczny kształt całości.
Reżyser po raz pierwszy pracował z Malkovichem przy swoim debiucie fabularnym, niezależnym thrillerze kryminalnym z 2014 roku Cut Bank.
To, iż nie mogliśmy go uwzględnić w ostatecznej wersji filmu, złamało mi serce, bo jest jednym z moich ulubionych ludzi i największych inspiracji. (…) To, co zrobił na scenie jako aktor, co osiągnął jako reżyser teatralny i filmowy, oraz jako aktor filmowy o niesamowitych zdolnościach… To był dla mnie zaszczyt, iż zgodził się zagrać.